管理科学与工程系是管理学院历史最悠久、底蕴最丰厚的系，其前身是1983年成立的上海工业大学管理工程系，1990年就获得了管理科学与工程一级学科硕士点、2006年获得管理科学与工程一级学科博士点、2011年获得管理科学与工程一级学科博士后流动站。目前，本系还拥有物流工程、项目管理、工程管理3个全日制专业型硕士点和物流工程、项目管理2个工程硕士领域，以及管理科学（金融系统工程方向）、工程管理2个本科专业。

管理科学与工程系师资力量雄厚，中国工程院刘源张院士、尤建新院长作为学科领军人物，现有全职教师38人，其中教授10人、副教授12人，90%以上教师具有博士学位，50%以上的教师有国外留学或访学经历。主要研究领域包括：管理科学、工业工程与质量管理、创新与知识管理、金融工程与风险管理、工程与项目管理等。本系教师承担了多项国家自然科学基金和省部级研究课题，同时也承担许多来自企业的研究课题。同时，还聘有20多名国内外资深学者担任本学科兼职教授。